ВНИИ коневодства получил уникальную возможность принять участие в совместном проекте с Институтом археологии РАН. В ходе раскопок на территории Троице-Сергиевой лавры были найдены полные скелеты лошадей с абсолютно точной датировкой – 1608-1610 годы.
В чем же уникальность именно этой находки и потенциал получения новых, важных для понимания эволюции пород знаний? Во-первых, только изучение полных скелетов может помочь провести достоверную реконструкцию экстерьера лошадей, живших в то время. Большая часть материала представлена обычно фрагментами останков, и, несмотря на развитие систем цифровой морфометрии, предсказать точный облик лошади проблематично. Во-вторых, как ни парадоксально, остеологический материал лошадей XVI-XIX веков куда как более редок, чем останки более ранних периодов, но именно он может дать представление о первых этапах формирования современных заводских пород лошадей, времени появления значимых для их появления и развития мутаций, о путях и способах обмена генетическим материалом.
Во ВНИИ коневодства организована группа по исполнению проекта под руководством ст. н.с. отдела селекции М. И. Стародумова, в состав которой вошли зав. лабораторией генетики Сорокин С. И., ветеринар-генетик Дубровская А. Б., научные сотрудники Лукьянчиков А. В. и Дацышин А. А., а также студентки РГАУ-МСХА им. Тимирязева Стародумова Е. М. и МГАВМиБ — МВА имени К.И. Скрябина Новикова Д. Д. В ходе работ на постоянной основе проводятся консультации с Н. Н. Спасской, куратором коллекции копытных Зоологического музея МГУ.
На первом этапе проведена сборка полного скелета, временно переданного во ВНИИ коневодства, его морфометрические исследования, оценка пригодности материала для выделения ДНК. Для предотвращения контаминации выделение древней ДНК из останков найденных лошадей будет проведено в ФГБНУ ФИЦ ВИЖ им. Л.К. Эрнста, после чего исследования полного генома позволят судить о породной принадлежности, масти, наличии определяющих селекционируемые признаки и наследственные аномалии мутаций у лошадей XVII века.
Исследования древней ДНК были начаты во ВНИИ коневодства М. А. Зайцевой еще в 2011 году, когда были получены результаты микросателлитного анализа образцов лошадей I и IX века, установлена степень сохранности ДНК и проведено сравнение с рядом современных популяций. К сожалению, развитие этого направления было ограничено рисками, связанными с постоянной работой лаборатории генетики, работающей с современными образцами. Работы продолжились в рамках исполнения гранта 19-76-20058 при поддержке Российского научного фонда и с помощью ФГБНУ ФИЦ ВИЖ им. Л.К. Эрнста, предоставившего возможность проведения этапа выделения в уникальной лаборатории древней ДНК.
В настоящее время число депонированных образцов для выделения древней ДНК превышает 100, пробы отбирались из раскопок с максимально точной датировкой и привязкой к существовавшей на то время национальной культурой в сотрудничестве с Бурятским научным центром СО РАН, Северо-Восточным федеральным университетом, Якутским НИИ сельского хозяйства, Арктическим государственным университетом. В коллекции есть два образца идентифицированных лошадей из Государственного музея животноводства имени Е.Ф. Лискуна. Выделено более 60 образцов, пригодных для полногеномного анализа. Кроме домашней лошади, удалось получить в коллекцию ряд вымерших форм с территории Республики Саха (Якутия), максимальный возраст которых составляет 40 тыс. лет.
Проект постоянно растёт, в число соисполнителей в настоящий момент входят ФГБУН «Институт археологии РАН», ФГБНУ «ВНИИ коневодства», Зоологичекий музей Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова, ФГБНУ ФИЦ ВИЖ им. Л.К. Эрнста, РГАУ-МСХА им. Тимирязева.